Medrxiv：最强新冠奥密克戎变异毒株XE，BA.1与BA.2到底如何重组，又有哪些突变？

2021年11月24日，世界卫生组织（WHO）首次收到南非对于该突变株的报告，并于2日后将其列入值得关注的突变株（Variant of Concern，VOC）。实际，Omicron亚型BA.2迅速取代了BA.1而成为主要的流行株。中国香港正在经历的Omicron疫情正属于此亚型。

然而最新英国报道出现新冠病毒不断重组，尤其是BA.1与BA.2的重组引发关注，其中一种类型被命名为XE。已有数据称 XE的感染时间明显更短，且其传播速度可能比主流的Omicron高10%，也就是说它的传染性可能比BA.2更强！

3月28日，来自香港大学的研究团队在预印本网站发文称在排除合并感染以及样本污染后，在 2022年2月抵港旅客中检测到BA.1/BA.2重组突变株（XE）感染者。4月2日，病例的研究结果就报道于Medrxiv上。

患者1在2022年1月下旬有咽喉痛和咳嗽，而患者2没有症状。这两名患者都接种了两剂新冠肺炎疫苗(辉瑞)，两名患者分别于2021年11月和2021年6月接种了第二剂疫苗。

在GISIAD和Genbank中没有发现类似的BA.1/BA.2重组序列，提示这是一个新的重组体。该重组病毒的BA.1区在基因上与在欧洲和美国发现的BA.1序列相近，而其BA.2区与来自多个大陆的BA.2序列相同。

由上图可以看出，这两例病人拥有BA.1和BA.2部分突变，相对而言，BA.2更多一些。其中在S蛋白方面，完全是BA.2突变，意味着它的感染能力与BA.2相似，英国研究认为比BA.2高9.8%，这是有可能的。而在ORF1ab，完全继承BA.1。而ORF3a，M，N，ORF6 则来源于BA.2。ORF3a和信号阻止蛋白ORF6表明它的免疫逃逸和病毒复制与BA.2是相似的。

SARS-CoV-2的29种蛋白质以及功能

研究者称，Omicron的高传播率导致其BA.1、BA.2亚型在多个地区传播，这为重组体的出现提供了条件。虽然本研究检测到的XE变种感染者只是零星病例，但这种重组体的潜在影响不应被低估。这就要求在全球范围内对SARS-CoV-2进行长期的基因组监测。

虽然目前大部分奥密克戎新变种XE感染者多来自于欧洲，但鉴于该病毒传播力更强，且感染后多数为无症状，因此不可以掉以轻心，该病毒极有可能随着人口流动而在全世界广泛传播，也就是说可能引起新一波新冠流行，给全球防疫工作带来困难。

原始出处：

Haogao Gu， et al. Detection of a BA.1/BA.2 recombinant in travelers arriving in Hong Kong， February 2022. doi： https：//doi.org/10.1101/2022.03.28.22273020

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